La creación del Centro de Capacitación Electoral tiene su origen en la firma de los Convenios General y Específico de Colaboración Académica que celebraron, el ocho de marzo del año dos mil trece y el diez de enero del año dos mil catorce, respectivamente, el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación y el Tribunal Electoral de Quintana Roo.
En dichos convenios se establecieron las bases, condiciones, compromisos y obligaciones para que ambas instituciones coadyuven en los planes de estudio de los diplomados, cursos, talleres, programas de posgrado u otras actividades docentes que se brinden al personal jurídico del Tribunal, otras instituciones electorales, partidos políticos, agrupaciones políticas, candidatos independientes, medios de comunicación, universidades y sociedad en general.
El Pleno del Tribunal Electoral de Quintana Roo en sesión de fecha 13 de marzo de 2018 acordó que a partir de esa fecha el nombre sería "Centro de Capacitación e Investigación Electoral".